判断亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离出来律。按照这一规律，在配子细胞构成时，交替的等位基因彼此分离出来，分别转入各自的配子细胞。精、卵细胞受精卵构成子代，孩子的两个基因组一个来自母亲，一个来自父亲；因此同对的等位基因也就是一个来自母亲，一个来自父亲。检验结果如果合乎该规律，则不回避亲生关系，若不合乎，则回避亲生关系（变异情况除外）。

在大多数的情况下，母、子关系是未知的，拒绝检验假设父和孩子否亲生关系。此时首先从母、子基因型的对比中，可以确认孩子基因中有可能来自父亲的基因（生父基因，OG）。然后仔细观察假设父亲的基因型，如果不具备生父基因，则可回避假设父与孩子的亲生关系。

若假设父也具备生父基因，结果就无法回避假设父的亲生关系，假设某案例中母亲是FGA-22/23型，孩子为22/25型，从较为中可确认生父基因是FGA-25。此案中假设父1为FGA-22/24型；假设父2为24/25型。其中假设父1不具备生父基因25，故可回避他与孩子的亲生关系；相比之下，假设父2因具备FGA-25，不回避与孩子有亲生关系。

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